Die EFK arbeitet fachlich weisungsfrei an der Schnittstelle zwischen den nationalen Behörden und der Europäischen Union:
Für den Bereich EU-Agrar und EU-Forschung (EFK AF) bescheinigt sie jährlich gegenüber der Europäischen Kommission die
Korrektheit der im Rahmen der Gemeinsamen Agrarpolitik (GAP) und im Forschungsbereich die in Baden-Württemberg ausgegebenen
EU-Fördermittel. Ein bedeutender Aufgabenbereich ist dabei die Prüfung von Zahlungsvorgängen aus den
EU-Förderprogrammen Europäischer Garantiefonds für die Landwirtschaft (EGFL) und Europäischer Landwirtschaftsfonds
für die Entwicklung des ländlichen Raums (ELER).
Die Prüfbehörde für den EU-Strukturförderbereich (EFK Str) überprüft die Verwendung europäischer
Fördermittel insbesondere im Bereich der Investitionen in Innovationen und technologische Entwicklung und von Maßnahmen, die der
Energieeffizienz sowie dem Schutz der Umwelt dienen (Europäischer Fonds für Regionale Entwicklung EFRE) sowie der beruflichen
Weiterbildung, der Schaffung von Arbeitsplätzen in kleinen und mittleren Unternehmen (Europäischer Sozialfonds ESF+). Sie
bestätigt die rechtmäßige und ordnungsgemäße Verwendung dieser Gelder gegenüber der Europäischen
Kommission.